淘宝分开发货已经付了一程运费，客人却申请退回运费，怎么处理？

         有客户分开两次下订单，要求修改运费，我修改了一程的运费。后来客人要求先发一部分货，因为另一部分缺货。现在客人申请退款，却连同那程运费也要求退回。但我们运费已经发生，与客户沟通更改却没有回复。应该如何处理？                

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